El poblamiento de Chiloé data de unos 6.200 años atrás, llegando los primeros grupos de personas al sector de Puente Quilo, en la comuna de Ancud. La llegada del europeo, transformó la vida de los habitantes del archipiélago, los cuales conformaron villorrios donde se encontraban asentamientos indígenas. 

La Villa de San de Chonchi nace como un “pueblo de indios”, era un punto importante que visitada la “Misión Circular” que los sacerdotes jesuitas implementaron hacia 1608, con el objetivo de evangelizar a los habitantes de Chiloé. La ciudad se fundó 200 años después de la llegada de los españoles a Chiloé por la Real Cédula del Rey de España.

Chonchi, probablemente sea una ciudad con una gran personalidad, ya que conserva junto a otras localidades chilotas sus costumbres y tradiciones, que están presente en sus casas, calles y topografía, su gente y además sus productos autóctonos como el licor de oro y las roscas chonchinas.

A través de los años, la ciudad ha ido creciendo hasta convertirse en la ciudad de los tres pisos, con la calle centenario, zona típica, la iglesia Monumento Nacional y Patrimonio de la Humanidad.Sin olvidar, el crecimiento de igual forma de sus sectores rurales, tomando mayor presencia a nivel regional como nacional.